Wabiony przez bogate żyły marsjańskiej rudy, górnik Alec Mason przybywa na Marsa spragniony nowego życia. Jednak obietnica świetlanej przyszłości Masona szybko znika. Osadnicy są wypędzani ze swoich domów i kopalni przez zachłanne mega-korporacje z Ziemi. Red Faction to jedyna nadzieja dla rozproszonych i zdemoralizowanych kolonistów Marsa.
Rok 1940. Podczas 2 wojny światowej, Alianci szkolą grupę żołnierzy do misji specjalnych: "Komandosów". Obejmij sterowanie Zielonym Beretem, szpiegiem, snajperem i saperem aby z powodzeniem wykonywać misje w na całym świecie.